立正在处理 Codex 里三百多 GB 旧记录时，没有先删或搬文件，而是先在两块独立硬盘上各做一份加密归档，记录每个文件的哈希，再以只读方式挂载、实际恢复一份最大的会话，确认数据真能回来，才冻结删除名单⁠1。他还指出 Codex 的 Archive 只是把记录挪到另一个目录，一个字节都不会释放，真正释放空间的是永久删除⁠1。你的情况同理：在弄清 .Codex、Codex、ChatGPT 三个文件夹各是什么之前，任何移动或删除都可能让 Codex 认不出自己的任务记录。先做一份完整拷贝，并试着从拷贝里打开一个旧项目，确认能正常读，这一步比分类更优先。

你说看不懂文件夹之间的关系，这恰好适合交给 Codex 本身：它能直接读取本机信息，比在别处问更有效。立正做个人网站时，Manus 因为看不到他的代码库和部署环境，建议缺乏上下文，最后是他打开 Codex CLI 让 Codex 检查错误、执行命令才解决⁠2。你可以先给 Codex 一个只读任务：让它列出这三个文件夹里各有什么、哪些是 Codex 自己生成的会话和数据库、哪些是 ChatGPT 的导出或缓存，并说明移动哪些会破坏任务恢复。等它给出解释、你确认理解后，再让它按官方路径处理。

立正整理五百多集视频时遇到过文档与实际路径对不上的问题：文档写的脚本路径，文件已经移走或换了目录。他的修法是每次移动或删除文件时，同时更新所有引用该路径的文档，并把“移文件”和“改文档”当成同一个操作，再用搜索旧路径的方式检查有没有漏改⁠3。你以后若真要重排目录，可以让 Codex 在移动后搜索旧路径，确认没有残留引用，而不是先大搬家再回头补。

Codex 这类工具的价值之一，是能调度本地文件和工具、并接受你灌注的上下文⁠1。所以这套系统放在哪里，判断标准不是“分类整齐”，而是 Codex 每次启动时能不能稳定读到它。通常做法是放在你实际用 Codex 干活的那个项目根目录，或 Codex 约定的配置位置；具体路径因版本而异，可以让 Codex 先只读地告诉你它默认会加载哪些文件，再对照放置。你之前那三个文件夹层级混乱，正好说明“按感觉分类”容易失效，按“谁读取、何时读取”来放更可靠。

立正在做主页时发现，guideline 越加越多，模型反而取平均、主线变弱；后来把材料分成“当前必须遵守的”和“需要时才读的参考”两类⁠2。鸭哥这套系统如果包含很多文档，不必全部塞进 Codex 每次都读的位置。可以先只放最核心的规则和当前项目说明，其余历史资料留在原处，需要时再让 Codex 去读。这样既避免上下文互相竞争，也符合他说的“想放到一起就放到一起，想分开就分开”的白盒控制思路⁠3。

可以先在一个小项目里放好这套系统，然后让 Codex 做一件依赖上下文的小事，比如按你的规则整理一份文件。观察它是否引用了你放的规则、有没有漏读或读错。如果它没读到，问题多半在位置或加载方式，而不是系统本身；如果读到了但输出跑偏，再回头精简内容。这比一次性整理所有历史文件更能帮你判断该放哪里。

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Codex 读取指令有层级：用户级配置对所有项目生效，项目根目录的 AGENTS.md 只对当前项目生效。所以“始终运行”的那份放用户级，比如 ~/.codex/AGENTS.md 这类全局位置；每个项目根目录再放一份自己的 AGENTS.md，写这个项目特有的规则、资料位置和验收标准。项目级会叠加在全局之上，等于全局给通用工作方式，项目给具体任务说明。立正提到过让 AI 去更新全局和本地项目的 AGENTS.md，说明他实际就是分这两层用⁠1。

README、docs、src、inputs、outputs、scratch、tests 这些是项目自己的内容，放在项目根目录下即可，由项目级 AGENTS.md 告诉 Codex 每类文件在哪、什么时候读。全局层只放跨项目通用的规则和索引，不塞具体资料。立正讲 context 架构时把记忆分成工作记忆、项目记忆、组织记忆三层，并强调按需加载、不一股脑塞进上下文窗口⁠2；项目资料属于项目记忆，全局只保留“怎么找、怎么加载”的规则。

你没有编程背景，最稳的做法是先只放全局那份，再在一个项目里放项目级 AGENTS.md，然后让 Codex 复述它读到了哪些规则、来自哪个文件。如果它只读到一份，说明路径或文件名不对；如果两份都读到，就说明分层生效了。这一步能验证“始终运行”是否真的成立，比先整理全部资料更重要。

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把鸭哥这套系统当成每次开工都要读的“工作方式说明”，放在用户级位置，让 Codex 在所有项目里都能读到；每个项目再放一份自己的 AGENTS.md 和 README、docs、src、inputs、outputs 等目录，只写这个项目特有的目标、约束和资料。这样全局层回答“怎么干活”，项目层回答“这次干什么”，两者是叠加关系，不是谁包含谁。立正讲 Codex 这类工具时提到，它和 Cursor 一样按项目隔离上下文，打开 A 项目只拿到 A 的上下文⁠1；所以项目资料留在项目里，全局层只放跨项目通用的部分。

如果某个项目的规则和全局默认冲突，就在该项目的 AGENTS.md 里写明覆盖，例如“本项目不用全局的提交规范，改用另一套”。这样全局层保持稳定，项目层按需调整，避免把全部资料复制到全局导致上下文膨胀。立正提到，上下文全塞到一起会很快占满窗口，模型把脑力都用来处理上下文，反而没法好好执行任务⁠1；所以全局层宜精简，项目资料按项目存放。

可以挑一个已有项目试：在项目根目录放一份简短的 AGENTS.md，写明本项目目标和资料位置，然后让 Codex 只读地说明它读到了哪些文件、哪些来自全局、哪些来自项目。观察它是否把项目资料和全局方法分开引用，就能判断分层是否生效。立正强调 AI 不是外挂也不是魔法，需要学会怎么用好它⁠2；分层是否有效，要靠实际读到的内容来验证，而不是靠文件夹名字。